在列托波利斯，这个地方遭受着圣甲虫和沙暴的双重压迫。
巴耶克找到了列托波利斯的领袖塔哈卡，讨论如何找出“圣甲虫”的计划。巴耶克帮助塔哈卡打退了沙漠暴徒，然而在庆功宴上，塔哈卡却在酒里下药把巴耶克迷昏，把他埋在沙漠中等死。
好在巴耶克叫来了自己的坐骑，塞努把坐骑的缰绳交到了巴耶克的手中，这才成功脱险。
原来塔哈卡就是“圣甲虫”，他之所以在列托波利斯治理风沙并不是为了造福人民，而是在用隐形的身份寻找着这里埋藏的秘密。
……
在追踪“鬣狗”的时候，巴耶克进入胡夫金字塔，发现“鬣狗”正在这里举行仪式，想要让自己的女儿死而复生。在被击败后，“鬣狗”还蛊惑巴耶克用伊甸碎片救活卡慕，但巴耶克并没有被蛊惑。
……
而在主线任务中，关于埃及艳后、凯撒的历史画卷也随着剧情的推进而一步步展开。
埃及艳后本来想和庞培联合，当庞培的舰队在登陆的时候却被托勒密和上古维序者的部队伏击，全军覆没。埃及艳后克利奥帕特拉不得已决定和凯撒联合，夺回对埃及的统治权。
在巴耶克和艾雅的努力下，克利奥帕特拉成功和凯撒联合。在尼罗河之战中，巴耶克和艾雅的英勇奋战让凯撒的军队取得了胜利，托勒密被鳄鱼拖入了海底。
但此时，意想不到的剧情发生了，克利奥帕特拉只是给了巴耶克和艾雅一笔钱，但凯撒却要将法老托勒密的死归罪于他们，让他们成为背锅侠。
巴耶克、艾雅、塔希拉、弗希达斯等人重新聚首，他们都认为应该继续持续战斗保护人民的自由意志，兄弟会的雏形出现了。
埃及艳后与凯撒的联姻并没有给埃及带来和平，情况反而越来越糟糕。凯撒加入了上古维序者的阵营，而他的副手弗拉维乌斯，才是杀害卡慕的真正凶手。
公元前47年，巴耶克和艾雅为追查伊甸碎片回到锡瓦，发现百姓全都痛苦地倒在地上，之前在最初剧情中为巴耶克治伤的拉比亚也没能幸免。
原来，弗拉维乌斯使用神器让整个锡瓦的人全都被控制，他们已经先一步赶往宝库。这个宝库其实就是之前上古维序者不惜杀死卡慕和很多无辜埃及人也要打开的那个宝库，里面蕴藏着伊甸碎片的秘密。
巴耶克和艾雅来到宝库中，在这里他们看到了一个巨大的金色地球模型，而巴耶克的好朋友，留在锡瓦的霍普扎法，为了保卫宝库，已经死在了这里。
巴耶克和艾雅分头行动，巴耶克刺杀弗拉维乌斯，拿到了伊甸碎片。在亚历山大港，巴耶克和艾雅再度聚首，
两个人都明白，他们必须为了更伟大的善行而牺牲自己的人生，在暗中刺杀那些罪有应得之人，化身为“无形者”，为新的信条而战。
巴耶克手中的老鹰头骨落在沙地上，印画出刺客组织的标志。
在最后一幕中，艾雅来到罗马的元老院议事厅，成为了第一个向凯撒刺出致命一剑的人。而后，元老院的其他人纷纷一拥而上。
布鲁图斯来到凯撒面前，凯撒说出了历史上那句经典的话：“即使是你也不认同我吗，我的孩子？”
然而，布鲁图斯回答凯撒的是冷冰冰的一刀。
“暴君已经死了，你们自由了！”
布鲁图斯高举着匕首大声呼喊，镜头逐渐拉高，躺在地上、浑身是血的凯撒头颅无力地歪到一边，气绝身亡。
在这之后，艾雅在罗马建立了刺客组织的据点，而巴耶克则是留在埃及发展刺客组织。
“我们来自黑暗，也必驻足于黑暗之中；人类不必永生，但信条必定长存。”
在剧情的最后，巴耶克站在高处看着艾雅的信件，塞努从远处飞来，落在他的右臂上。
前方再度出现了整个埃及绝美的远景，而此时画面中再度出现了游戏的名称和标志。
《刺客信条：起源》！
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